Fernando Zóbel fue el creador del Museo de Arte Abstracto Español de Cuenca. Se inauguró el 1 de julio de 1966 y por el pasaron y siguen pasando las personalidades más destacadas del mundo del arte nacional e internacional, así como numerosos visitantes y amantes del arte. Alfred H. Barr, Jr., fundador y primer director del Museum of Modern Art (MoMA) de Nueva York, dijo de el tras visitarlo en 1967 que era “el pequeño museo más bello del mundo”.
 
En 1981 Fernando Zóbel donó su colección de arte abstracto español a la Fundación Juan March que, desde entonces, es titular del Museo de Arte Abstracto Español de Cuenca, en el que se expone con carácter permanente una gran parte de esa colección, junto a algunas otras obras incorporadas posteriormente por la propia Fundación.
 
Asimismo, en 1984, tras su fallecimiento, sus sobrinos Georgina y Alejandro Padilla Zóbel, hicieron entrega a la Fundación Juan March de sus cuadernos de dibujos diarios y biblioteca particular, por deseo expreso del propio Zóbel, en cuya digitalización, catalogación y puesta en valor, se trabaja desde hace algunos años.